رایج ترین کاربرد آزمایش مدفوع تشخیص انواع مختلف انگل های بیماریزا در روده است.

افرادی که تحت آزمایش مدفوع قرار می گیرند، باید برای مدت 7 تا 10 روز پیش از انجام این آزمایش از درمان با روغن کرچک یا روغن های معدنی، بیسموت، منیزیوم، ترکیبات ضد اسهال، تنقیه با باریوم و مصرف آنتی بیوتیک ها خودداری نمایند.

بهتر است این آزمایش در سه نوبت انجام شود. نمونه مدفوع باید مستقیما در ظرفی که از طرف آزمایشگاه در اختیار بیمار قرار می گیرد جمع آوری شود. اگر بیمار بستری است، نمونه ر ادر یک ظرف خشک جمع آوری نموده و سپس با استفاده از چوب مخصوص (آبسلانگ)، نمونه را به ظرف نگهدارنده برچسب دار منتقل نمائید.

نمونه مدفوع نباید با ادرار یا آب آلوده گردد زیرا ادرار می تواند برخی از انگل های فعال را از بین ببرد. بیماران باید نمونه جمع آوری شده را خصوصا در موارد مشکوک به اسهال خونی بلافاصله به آزمایشگاه ارسال کنند.

اگر انجام آزمایش حداکثر تا 30 دقیقه پس از جمع آوری نمونه امکان پذیر نباشد، لازم است تا نمونمه در یخچال قرار داده شود..